食品體系認證的最大優點就在于它是一種系統性強、結構嚴謹、適用性強而效益顯著的以預防為主的質量保證方法。建立和有效運行食品安全體系能向全社會表明組織重視食品的安全、衛生，并采取了積極有效的控制手段。

　　首先，企業實行食品認證體系在問題出現之前就可采取糾正措施，因而是積極主動的控制。通過易于監視的特性，如時間、溫度和外觀實施控制。監控方法簡單、操作性強、快速。只要有問題發生就能及時采取糾正措施，迅速進行控制。其次，食品體系認證與依靠化學分析微生物檢驗進行控制相比，費用低廉，由直接專注于食品加工的人員控制生產操作。再次，由于控制集中于生產操作的關鍵點，就可以對每批產品采取更多的保證措施。最后，食品體系認證能用于潛在危害的預告。食品安全體系涉及到與產品安全性有關的各層次的職工。

　　食品體系認證費用基本是以完成審核所需的人數與每人日收費標準相乘得到的，而認證所需人數是根據組織的規模、從業人數為計算基數來計算的，同時考慮產品的種類、產品安全風險的高低以及組織的實際運作方式等因素進行適當的增減。組織需提供有關情況的詳細說明后，食品體系認證機構才能進行準確報價。

　　食品體系認證適用于所有在食品鏈中期望建立和實施有效的食品安全管理體系的組織，這包括直接介入食品鏈中一個或多個環節的組織以及間接介入食品鏈的組織。