現代企業管理效益審計方法，是指審計機構對現代企業經濟活動特別是企業管理活動的效率性、效果性和經濟性進行檢查、評價，并提出改進意見的審計方法。近幾年很多企業進行嘗試，但還存在問題，那應當如何正確運用企業管理效益審計方法呢？

　　優化運用企業管理效益審計方法的環境。一般來說，現在企業管理效益審計方法，是企業現代管理實踐的產物，離開了企業的現代化以及企業管理的現代化這個環境，企業管理效益審計方法就難有用武之地。為此，必須在努力發展現代生產力構建現代企業制度的過程中，進一步優化其運用現代企業管理效益審計方法，開展企業效益審計的環境。

　　目前很多企業公司治理結構不完善，出資者缺位現象普遍，內部人控制問題較為嚴重。這種情況下下，很多公司董事會成員與企業管理層的高度重疊往往會影響甚至操縱管理效益審計的工作。這需要公司進一步完善公司治理結構。

　　另外，需要進一步建設資源共享的審計信息系統。在運用現代審計方法開展管理效益審計中，審計人員要在風險評估階段理解審計單位的情況。很多公司因為會計信息嚴重失真，公司治理和內部控制不完善阻礙了管理效益審計的實施。

　　此外，還應當加強審計隊伍建設，使之適應運用企業管理效益審計方法開發其審計的需要。